بقعه شیخ صفی الدین اردبیلی همچون دیگر آثار دوره صفویه مجموعه‌ای از حجم‌های رنگین است که به تناسب زمان ساخت آنها نقوش و رنگ‌ها نیز متغیر بوده و جلوه خاصی به خود گرفته است.
به گزارش دیدشهر؛ رنگ های به کار رفته در فضای بیرونی بقعه شیخ صفی الدین اردبیلی عبارتند از آبی فیروزه‌ای، لاجوردی، در مواردی سبز و قهوه‌ای، سیاه، سفید و طلایی که رنگ لاجوردی و فیروزه‌ای و سبز در بناهای اسلامی به عنوان عناصری که در ایجاد فضاهای معنوی بسیار موثر بودند در این مجموعه تاریخی نیز به چشم می‌خورد.
رنگ زرد یا طلایی به دلیل استفاده از آجر در نمای قندیل خانه و گنبدها و مقبره شیخ صفی بیش از سایر رنگ‌ها جلوه‌گر است و این دو رنگ در کنار هم ایجاد تباین کرده یکدیگر را بهتر نشان می‌دهند و در واقع هیجان خاصی در باغ به وجود می‌آورند.
کف سالن و جداره دیوارها از سنگ‌های خاکستری رنگ و مرمر قرمز بوده و در وسط حوض، چشمه سنگی قرار دارد و زمینه کاشی کاری‌های آن آبی لاجوردی است و نقوش ختایی و اسلیمی طرح‌های گلدانی درزها و حاشیه‌ها از رنگ‌های یاد شده تشکیل یافته‌اند و آبی فیروزه‌ای در حاشیه کتیبه‌ها و پنجره‌های نمای چینی خانه مورد استفاده قرار گرفته است.
